商调函存档在哪个部门

不管是存档还是调档案都要去具有人事档案接收权的单位办理，公司一般会把档案放在人事部，由人事部员工监管，人才市场的话会放到下属档案管理科室，按照一定的规律存放。

商调函一般在原单位，但是调令一般有3份，分别在你的档案里、原单位和新单位。你要复印调令的话，档案里就有。 如果是同系统内的企业间调动，那么需要确定是暂调还是长期调动，你的人事编制还是会保留在这个大的系统，但你的社保、合同主体等需以你新的单位办理。

不知道你现在的档案是否被你原单位放在人才中心设立的集体档案里，如果是的话要通过原单位的人事部门才能取出和调动档案。一般的来说，你可以在找到新单位后由新单位人事部门（如果新单位也是由人才中心代管档案的由人才中心）开具商调函后从你原来的档案存放地办理档案转移手续（如果原来是集体档案的话需要有你原来单位的人员陪同或出具证明）。
档案一般没有作废的说法，你那份学历档案搁在手里也没有关系，只是不方便以后的单位查询罢了。
建议如果你最近就要找工作的话，可以等到找到工作后调档时把学历档案一起加上去即可。如果你最近没有找工作或者对档案不放心的话，可以联系你原来的公司，就在你档案所在的人才中心把集体档案（转移成个人档案就可以将你的学历档案存进去了。如果你本来就是存放成个人档案的话直接找人才中心存放就可以了。